Vào đầu thập niên 1960 tại miền Nam, Mặt trận Giải phóng miền Nam ra đời. Trên địa bàn Đồng bằng sông Tiền và sông Hậu, Quân Giải phóng thành lập Quân khu 2 và Quân khu 3, với phương thức tác chiến du kích là chủ yếu, tác chiến chủ lực đến cấp Tiểu đoàn.

Trước tình hình này, Tổng thống Ngô Đình Diệm quyết định tổ chức thêm một đơn vị chủ lực nữa để hỗ trợ và chia sẻ vùng hoạt động cùng với 2 Sư đoàn 7 và 21 tại miền Tây Nam phần thuộc Quân khu 4 Việt Nam Cộng hòa. Ngày 1 tháng 1 năm 1962, Sư đoàn 9 được thành lập tại Phú Thạnh, Bình Định[1] do Đại tá Bùi Dzinh làm Tư lệnh đầu tiên.

Sau khi được tổ chức và huấn luyện, ngày 20 tháng 9 năm 1963, Sư đoàn di chuyển vào Nam, Bộ Tư lệnh đặt tại Sa Đéc. Vùng hoạt động của Sư đoàn là những tỉnh nằm sát biên giới Việt-Miên (vùng Kiên Giang, Châu Đốc...), khu vực đầu nguồn của sông Tiền, sông Hậu. Là địa bàn có địa hình hiểm trở và phức tạp, thuận lợi cho Quân đội Nhân dân Việt Nam thiết lập những căn cứ lớn tàng trữ lương thực, quân dụng và vũ khí từ Bắc chuyển vào cung cấp cho nhu cầu chiến trường xâm lăng miền Nam.

Trong cuộc Đảo chính 1963, Sư đoàn là một trong những đơn vị cuối cùng trung thành với Tổng thống Ngô Đình Diệm. Tuy nhiên, do hành động đoạt quyền chỉ huy của Đại tá Nguyễn Hữu Có tại Sư đoàn 7 và đem Sư đoàn này chốt chặn ở ngã ba Trung Lương và cho rút hết các chiếc phà Mỹ Thuận để ngăn chặn Sư đoàn 9 vượt sông Tiền, vì vậy Sư đoàn 9 không thể đưa quân về Sài Gòn cứu viện cho Tổng thống Diệm.

Tết Mậu Thân 1968 tại Sa Đéc, Quân Giải phóng tấn công Bộ Tư lệnh Sư đoàn vào lúc 9 giờ tối (đêm giao thừa), nhưng bị đơn vị Trinh sát của Sư đoàn phát hiện nên bị đánh bật ngay trong đêm. Tại Vĩnh Long, Trung đoàn 15 thuộc Sư đoàn 9 vẫn tiếp tục kháng cự cho đến khi đối phương rút lui. Đến ngày mùng 5 tết, Quân Giải phóng mở lại các cuộc tấn công để gây tiếng vang nhưng đều thất bại.

Năm 1970, Sư đoàn đã phối hợp với các đơn vị bạn thực hiện các cuộc hành quân vào biên giới Việt Nam-Campuchia đánh phá Trung ương Cục miền Nam của Mặt trận Giải phóng, gây nhiều thiệt hại cho đối phương.

Năm 1975, do đối phương tập trung đánh lớn ở các Quân khu khác, cũng như các đơn vị ở Quân khu 4. Sư đoàn không phải giao chiến lớn, tuy nhiên cũng bị đối phương cầm chân không thể chi viện cho các nơi. Sau khi Sài Gòn thất thủ, Sư đoàn cũng buông súng đầu hàng theo lệnh của Tổng thống Dương Văn Minh.